クラウドにした場合、弥生販売と弥生会計との連携は取れますか？

両方を「アプリップリクラウド」でご利用いただければ、連携可能です。
片方のみクラウド導入される場合は、弥生販売の仕訳データ書き出し、弥生会計の仕訳データ取込にて対応可能です。